Institutom upravlja Upravni odbor, koji ima šest članova čiji mandat traje četiri godine, nakon isteka mandata ne mogu biti ponovno imenovani.
Izuzetno u odnosu na stav 1. ovog člana, u prvom sazivu Upravnog odbora, tri člana nominirana od strane Međunarodne komisije za nestale osobe imenuju se na period od dvije godine.
Članovi Upravnog odbora odluke donose konsenzusom.
Članovi Kolegija direktora ne mogu biti članovi Upravnog odbora.
Način rada, pravila postupanja, kao i druga pitanja značajna za rad i održavanje sjednica Upravnog odbora, bliže su uređena Poslovnikom o radu Upravnog odbora.
Upravni odbor ima sljedeće nadležnosti:
- donosi Statut Instituta;
- imenuje i razrješava članove Kolegija direktora;
- utvrđuje godišnji program rada Instituta;
- donosi financijske planove i usvaja godišnji obračun;
- donosi Pravilnik o unutarnjoj organizaciji i sistematizaciji poslova;
- donosi druge opće akte Instituta, u skladu sa Sporazumom, zakonima Bosne i Hercegovine i ovim Statutom;
- usmjerava, vrši kontrolu i daje ocjenu rada članova Kolegija direktora;
- podnosi izvještaje suosnivačima najmanje jednom godišnje, kao i na zahtjev suosnivača u svako vrijeme;
- odlučuje o načinu korištenja izvan budžetskih sredstava, a na prijedlog Kolegija direktora;
- odlučuje o materijalno-finansijskom ulaganju u objekte i opremu, a u skladu sa finansijskim planom i programom rada Instituta;
- odlučuje o prigovoru zaposlenika na odluke Kolegija direktora o pravima zaposlenika iz radnog odnosa;
- odlučuje o svim statusnim promjenama Instituta uz suglasnost suosnivača;
- vrši druge poslove u skladu sa Zakonom i Statutom.
Predsjedavajući Upravnog odbora saziva sjednice, predlaže dnevni red sjednica, predsjedava sjednicama i potpisuje odluke i druge akte Upravnog odbora.
Predsjedavajućeg Upravnog odbora, u slučaju njegove spriječenosti, odnosno odsustva, zamjenjuje drugi član Upravnog odbora iz istog konstitutivnog naroda.
Članovi privremenog Upravnog odbora:
- Ljiljana Bogdanović
- Nihad Branković
- Borislav Cicović
- Mato Jozić
- Cvija Jurković
- Elvir Peštalić